Przeżyj zupełnie nową przygodę ze swoją ulubioną alchemiczką Sophie Neuenmuller, rozpoczynającą się krótko po wydarzeniach z Atelier Sophie 2016 : The Alchemist of the Mysterious Book.

Po opuszczeniu rodzinnego miasta Kirchen Bell ze swoją przyjaciółką Plachtą, Sophie odkrywa w lesie ogromne drzewo, które przypomina to, które Plachta widziała w swoim śnie, a kiedy postanawiają zbadać je razem, nagle zostają wciągnięte do jego wnętrzności przez tajemniczy wir. Po przebudzeniu Sophie znajduje się w nowym, dziwnym świecie zwanym Erde Wiege, ale jest sama, a Plachta nigdzie nie może się odnaleźć.

Kiedy Sophie dowiaduje się, że na obrzeżach pobliskiego miasta mieszka alchemiczka o imieniu Plachta i odwiedza ją w jej pracowni, odkrywa młodą dziewczynę, która choć ma takie samo imię jak jej przyjaciółka, nie jest do niej podobna i Sophie w ogóle jej nie rozpoznaje. A to daleka od jedynej niespodziewanej niespodzianki, jaka czeka Sophie...