W Far Cry 3 wcielisz się w Jasona Brody'ego, człowieka stojącego samotnie na krańcu świata na tajemniczej tropikalnej wyspie odciętej od cywilizacji. W tym brutalnym raju, gdzie przestępczość i przemoc są jedynymi pewnikami, to ty decydujesz, kiedy i jak potoczą się wydarzenia w grze.

Poza granicami cywilizacji leży wyspa, na której nie obowiązują żadne prawa. Jest to miejsce zdominowane przez piractwo i ludzką nędzę, z którego nie ma ucieczki, chyba że przez narkotyki lub kulę w łeb. I właśnie tutaj się znajdujesz. Utknąłeś w miejscu, które nie odróżnia dobra od zła, miejscu rządzonym przez zasady przemocy.