Dwunastu esperów o nadludzkich zdolnościach zebranych na pływającym statku przez tajemniczą ponadnarodową istotę znaną tylko jako The World. Ich wspólna historia może dobiegać końca, ale ich własna dopiero się zaczyna.
Przeszłość, teraźniejszość i przyszłość - trzy różne tryby fabularne Norn9: Last Era łączą się ze sobą , w tym eksploracja przeszłości bohaterów przed ich wspólnym życiem na statku. Gra opowiada również wydarzenia z Norn9: Var Commons z nowych perspektyw i historii rozgrywających się po wydarzeniach z pierwszej gry.