Cisza zaczyna się od szaleńczej ucieczki nastoletniego chłopca, Noaha, i jego młodszej siostry, Renie, którzy w ostatniej chwili schronili się w małym schronie przeciwlotniczym. Tam, aby się uspokoić, opowiadają historię, która przenosi ich do bajkowego świata zwanego Silence. Tutaj para zostaje przypadkowo rozdzielona, a Twoim pierwszym zadaniem jest przywrócenie ich do siebie. Inne zadania, w tym uratowanie całego Silence, czekają na Ciebie oczywiście później.