Minęło 20 lat, odkąd przywódcy świata dobrowolnie poddali się dominacji obcych sił, a XCOM, ostatnia linia obrony ludzkości, został pozostawiony na pastwę losu. Świat zmienił się nie do poznania!

Obcy rządzą teraz Ziemią i szybko przystępują do budowy olśniewających miast, które niosą ze sobą obietnicę lepszej przyszłości dla ludzkości. Ale nic nie jest tak doskonałe, jak się wydaje - obcy mają bowiem tajny, przerażający cel. Ci, którzy próbują stawiać opór, słono za to zapłacą.

Tylko ci, którzy zamieszkują obrzeża świata, mogą cieszyć się obietnicą wolności. To właśnie w tych częściach ludzie próbują odzyskać siły i zebrać armię, która stanie w obronie interesów ludzkości.

Resztki sił specjalnych XCOM muszą znaleźć sposób, by powstać z popiołów i odzyskać siły, spróbować odkryć przerażającą prawdę stojącą za okupacją i raz na zawsze wyeliminować obce zagrożenie.